Pradžia: 2009
Klubas buvo įkurtas 2009 m., kai logistikos kompanija „Hegelmann transporte“ nusprendė plėtoti ir skatinti darbuotojų fizinį aktyvumą.
III lyga: 2009-2016
2009-2016 m. sezonuose FC „Hegelmann Litauen“ žaidė KAFF III lygoje (ketvirtas Lietuvos futbolo divizionas). Tuomet tik iš vietos žaidėjų sudarytai komandai aukščiausias pasiekimas buvo užimta šeštoji vieta.
2016 m. FC „Hegelmann Litauen“ ir aukščiausios lygos komanda „Kauno Žalgiris“ pradeda partnerystę, kuri trunka vienerius metus.
II lyga: 2017-2018
2017 m. buvo pirmieji nepriklausomi klubo istorijos metai, kuomet buvo žaidžiama vienoje iš trijų stipriausių Lietuvos futbolo lygų.
2018 m. sezone FC „Hegelmann Litauen“ pradėjo bendradarbiavimą su FRK „Feniksas“ ir pasipildžiusi šio klubo jaunimu, tapo 2018 m. LFF II lygos Pietų zonos nugalėtojais ir iškovojo teisę sportiniu principu žengti į LFF I lygą.
Pirma lyga: 2019-2020
2019 m. FC „Hegelmann Litauen“ debiutavo antrajame pagal pajėgumą Lietuvos futbolo divizione – LFF I lygoje.
2019 m. FC „Hegelmann Litauen“ užfiksavo kolkas geriausią pasiekimą LFF taurės varžybose – pasiektas 3-asis etapas.
2020 m. FC „Hegelmann Litauen“ antrajame savo Pirmos lygos sezone buvo vieni iš turnyro favoritų. Iš dalies pateisinę šį statusą, mėlynai balti galutinėje pirmenybių rikiuotėje liko antri ir iškovojo kelialapį į aukščiausią lygą.
Optibet A lyga: 2021-2022
2021 m. debiutinis ir istorinis klubo sezonas aukščiausiame šalies divizione – Optibet A lygoje. Užimta penktoji vieta. 2022 m. klubas pradėjo savo antrąjį sezoną aukščiausiame šalies divizione.
